安徽科技学院学报,2013,27(5):38—44 Journal of Anhui Science and Technology University 核酸适体及其在食品安全领域的应用 王(安徽科技学院丽,桑宏庆 凤阳233100) 食品药品学院,安徽摘要:核酸适体作为一种具有替代抗体潜能的新型仿生生物识别元素,是近年来研究的热点。在食品安 全领域,抗生素、重金属、食源性致病菌、生物毒素等多种物质的核酸适体已被成功筛选和应用。本文介绍 了核酸适体的特点和优势、识别靶分子的机制、体外筛选的流程,综述了核酸适体在食品安全领域的应用 研究进展。 关键词:核酸适体;食品安全;分子识另·l;指数富集的配体系统进化 中图分类号:TS207.5 文献标识码:A 文章编号:1673—8772(2013)05—0038—07 Aptamers and Their Application in Food Safety WANG Li,SANG Hong—qing (College of Food and Drug,Anhui Science and Technology University,Fengyang 233 100,China) Abstract:Aptamers,as new biological recognition element with potential substitute for antibody,are research o—f CUS recently.Aptamers have been isolated against different molecule classes including antibiotic,heavy metal i— ons,foodborne pathogens,biotoxin and others in food safety,and various aptamer—based detection assays have been developed for them.Characteristic,superiority,identiifcation mechanism,and selection in vitro of aptam— ers were introduced.Recsent developments of application about aptamers in food safety were reviewed. Key words:Aptamer;Food safety;Molecular recognition;Systematic evolution of ligands by exponential enrich— ment(SE LEX) 1990年,Ellington等人 和Tuerk等人 分别在Nature和Science上发表了关于体外筛选6种有机小 分子染料和特异性结合噬菌体T4 DNA聚合酶(u)43)的核酸分子的文章,并称这种核酸分子为“适体”。 适体(Aptamer)来源于拉丁语aptus(意为“匹配”)和希腊语词缀meros,亦称为“核酸适体”或“适配子”。 它是通过指数富集的配体系统进化(Systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)技 术,从人工体外合成的随机寡核苷酸序列库中,反复筛选得到的能以极高的亲和力和特异性与靶分子结合 的某些寡核苷酸序列 “】,一般由几十个核苷酸(20—60 nt)组成,可以是RNA或单链DNA(ssDNA)。经 过20多年的发展,核酸适体已成熟为新一代靶分子特异性识别结合体,在疾病诊断及治疗、分子识别及进 化机制、药物筛选及活性机理研究、分析检测等众多领域得到了广泛应用。 1 核酸适体的特点和优势 核酸适体的出现使抗体技术受到了前所未有的挑战,与抗体等蛋白质类特异性识别结合体相比,适体 具有多方面的应用优势。 (1)识别的靶分子范围广:核酸适体识别的靶分子可以是生长因子、酶、抗体、毒素等蛋白质类生物大 分子 -8],也可以是有机染料、多肽、核苷、氨基酸、糖类、小分子药物、金属离子等小分子物质 收稿日期:2013一O5一O7 ,甚至 基金项目:国家自然科学基金项目(3t2o ̄369)。 作者简介:王丽(1977一),女,河南省荥阳县人,博士,副教授,主要从事食品安全与检测研究。 第27卷第5期 王丽,等核酸适体及其在食品安全领域的应用 39 可以是细胞、细菌及病毒等完整生命体n ,理论上自然界存在的任何物质都可以通过SELEX技术筛选 到其相应的核酸适体。 (2)亲和力强:核酸适体对靶分子具有紧密的结合能力,经过多次筛选的适体,平衡解离常数(Kd)可 以达到10一mol/L~10 mol/L之间¨ ,这种能力通常高于抗体对抗原的识别及结合能力,有些甚至强于 其天然配体。 (3)特异性强:核酸适体与靶分子之间具有严格的识别能力,配体方面极其细微的变化即可被适体感 知,例如茶碱和咖啡因的结构非常相似(茶碱分子7一N上的H被甲基取代后即咖啡因),但能识别茶碱的 RNA适体不能识别咖啡因分子 引。核酸适体甚至可以区分手性异构体、识别同一蛋白的不同构象和不 同功能状态。 (4)制备方便、易于合成:核酸适体无免疫原性,体外筛选不依赖动物或细胞。SELEX筛选周期一般 只需2~3个月,利用高效的筛选技术如自动筛选、毛细管电泳筛选只需要2—4d。此外,筛选到的适体为 序列明确的寡核苷酸分子,相对分子质量小,通过化学合成很容易获得高纯度的适体。 (5)适体的分子修饰和标记比较容易:适体可以非常容易的进行磷酸化修饰、巯基化修饰、生物素标 记、荧光标记以及酶标记等,因此适体可与多种分析方法相结合。 (6)适体稳定性好,可长期保存:核酸适体稳定性好,在常温下可以运输,冻成干粉后可长期保存,适 当溶解后又可以恢复其功能构像。 2核酸适体识别靶分子的机制 核酸适体的出现,冲破了传统意义上核酸只是遗传信息存储和转运载体的认识,但核酸适体本质上就 是一段寡核苷酸(DNA或RNA),那么为什么核酸适体与靶分子的可以特异性结合呢?采用核磁共振、x 射线晶体衍射、原子力显微镜、单分子荧光成像、表面等离子共振等手段可以从结构上对核酸适体与靶分 子的作用机理进行较为深入的研究。高分辨的适体与靶分子复合物的三维结构研究发现,适体与各种配 体的结合是通过范德华力、“假碱基对”的堆积作用、氢键作用、静电作用和形状匹配等自身发生适应性折 叠,形成一些稳定的三维空间结构,如发卡(Hairpin)、假结(Pseudo knot)、凸环(Stem loop)、G一四分体(G quartet)、鼓包(Bulge)等 。 Nguyen等 叫利用核磁共振波谱法研究了孔雀石绿与其RNA适体的相互作用,发现孔雀石绿在其核 酸适体的诱导下产生了电荷分布及构象的变化,从而认为核酸适体与孔雀石绿的识别是二者相互诱导形 成的。目前研究比较成熟的凝血酶适体是由29个脱氧核糖核酸适体组成,形成两个G一四分体结构的三 维结构,凝血酶适体与凝血酶主要是通过G一四分体结构与凝血酶侧链上的Arg126、Lys236、Lys240和 Ar@3这几个在生理条件下带正电荷的氨基酸之间的静电相互作用 。“假碱基对”的堆积作用是指配 体的芳香环部位与核酸适体分子的碱基平面平行,并有重叠,类似于核酸分子里的碱基堆积作用,如茶碱 的芳香环能与其核酸适体分子里的碱基重叠而发生相互作用¨引。氢键作用在核酸适体与靶分子识别中 也扮演着重要角色,例如适体对精氨酸的识别是因为精氨酸与核酸适体的碱基形成了较强的氢键 。 3核酸适体的体外筛选流程 SELEX技术是体外筛选核酸适体的基本方法,SELEX技术摆脱了对生物系统的依赖性,是一种以组 合化学技术、PCR技术以及基因克隆测序技术等为基础的分子进化工程技术。SELEX技术的总体思路是 利用组合化学的原理体外设计合成随机寡核苷酸文库,经过多轮的体外筛选和富集,最终获得与靶分子以 高亲和力、高特异性结合的目标寡核苷酸。SELEX技术的流程如图1所示,主要包括以下几个关键步骤。 (1)随机寡核苷酸库的合成:SELEX筛选首先要利用组合化学的原理设计随机寡核苷酸库(ssDNA或 RNA),随机寡核苷酸文库一般包括两端的引物结合区和中间随机区,引物结合区(一般l5—25个碱基) 用于筛选过程中PCR的扩增,中间的随机区使文库具备了丰富的多样性。一般随机区序列长度是30—4O 个碱基,即理论上至少有10 ~10 个寡核苷酸序列,实际上能达到l0M一10 个寡核苷酸序列即可满足首 轮筛选需要。此外,进行RNA适体筛选的随机寡核苷酸库由模板eDNA随机寡核苷酸库经体外转录而 来,在合成eDNA随机寡核苷酸库时要预先将T7RNA多聚酶启动子序列引入其5 端固定序列中,以便体 安徽科技学院学报 2013正 外转录。 (2)随机寡核苷酸库与靶标分子的结合:将随机的寡核苷酸库与靶分子在一定的缓冲体系中孵育一 段时间,随机寡核苷酸与靶分子相互作用、相互识别发生适应性折叠形成核苷酸一靶分子的复合物。根据 靶分子的特性一般选择室温或者37℃进行孵育,此外缓冲体系的离子强度及pH值也要根据靶分子的特 性不同进行优化。靶标分子的浓度也可以随着筛选轮数的增加进行改变和调整,以调整筛选压力。 (3)未结合寡核苷酸的分离:利用一定的分离手段将未结合的寡核苷酸与核苷酸一靶分子的复合物 进行分离。目前比较常用的分离方法有纤维素膜分离、亲和层析、磁珠分离、凝胶分离等。 (4)寡核苷酸的洗脱及扩增:将筛选到的核苷酸一靶分子复合物中的核酸通过洗脱等手段进行分离 及扩增。如果筛选的是DNA适体,进行PCR扩增;如果筛选的是RNA适体进行RT—PCR扩增,5 端的引 物需包含一段1_7启动子序列,它可识别DNA转录为RNA时所必须的T7RNA聚合酶。 (5)次级寡核苷酸库的生成:经过PCR扩增获得的dsDNA需要经过拆分得到目标的ssDNA才能进入 下一轮的筛选。目前获得ssDNA生成次级寡核苷酸库的方法主要有核酸外切酶法、变性高效液相色谱 法、不对称PCR法、磁珠捕获法等。 (6)克隆测序:重复上述筛选、分离、扩增、ssDNA的制备等步骤,随着筛选轮数的增加与靶分子特异 性结合的核苷酸呈指数增加、亲和力低的逐渐被淘汰。经过若干轮的筛选,对最后一轮筛选的产物进行克 隆测序。 (7)适体的鉴定:对筛选到的寡核苷酸序列进行一级结构序列比对和二级结构的预测,进行亲和力、 特异性的分析鉴定。 cI tI9一,——\..冀‘ -..cI婀 oft.II kc.Id——+厂ind ^d、.尊 ‘In∞ m :is 砷憎咐PooI \ |删//.bi 幛 血I RN^ DN^po|删…一 num ̄ificarfiom 图1 SELEX技术的流程 】 Fig.1 Flow graph of SELEX[ ] 4核酸适体在食品安全领域的应用 目前,食品安全是人们关注的焦点问题。近年来随着适体技术的发展,越来越多的食品有害物质的核 酸适体被成功筛选。一些以核酸适体作为识别元件融合生物传感器技术、纳米技术的新型检测方法不断 涌现,在食品安全领域有着广阔的应用前景。 4.1在抗生素分析中的应用 目前由于抗生素的滥用,抗生素残留超标引起的食品安全问题越来越受到人们的关注。以抗体为关 键识别元素的方法需要制备高质量的抗体,而抗生素大部分属于半抗原,作为免疫原获得各种抗生素的抗 第27卷第5期 王丽,等核酸适体及其在食品安全领域的应用 41 体比较困难,核酸适体技术的出现为抗生素残留的检测提供了新的思路。近年来已经有多种抗生素的核 酸适体被筛选获得并在检测中得以应用。目前人们已经筛选获得了卡那霉素A 引、卡那霉素B 、土霉 素 l4]、四环素 、新霉素 引、氯霉素 素A_3 等的多种抗生素的核酸适体。 、莫诺霉素A 引、蒽环类抗生素 、青霉素类抗生素 、环孢霉 delos—Santos—alvarez等 发明了电化学适体传感器检测牛奶中的新霉素B,线性范围为25— 2500ixmol/,L。2009年,delos—Santos—alvarez等-3 又利用表面等离子共振技术设计了用于新霉素B检测 的光学适体传感器,线性范围为10nmol/L~1001xmol/L。2009年,Kim等 利用他们筛选的土霉素的 DNA适体为分子识别元件,发明了电化学生物传感器用于土霉素的检测,线性范围为1一lOOnmol/L。 2010年,Kim等[35 又以他们筛选获得的四环素DNA适体为分子识别元件,构建了用于四环素检测的电化 学生物传感器,对四环素的最低检出限为10nmol/L,线性检测范围在0.01~10Ixmol/L。Song等 刮将适 体与纳米金有机结合构建了卡那霉素的色度生物传感器,检出限达到25nmol/L。范婷等 构建了检测青 霉素类抗生素的电化学生物传感器,通过循环伏安扫描对青霉素类抗生素检测,检测限可达2.81nmol/L,线 性范围在2.81~281nmol/L。 4.2在金属离子分析中的应用 目前,基于核酸适体的Hg“、Pb 、K 的检测已有报道。Hg2 与核酸的稳定结合是依靠T—Hg¨~ T的碱基配对 引,虽然Hg 与T碱基之问有很强的选择性,但是单纯的含T碱基的核酸在检测时容易受 到Pb 的干扰。为了避免Pb 的干扰,xu等 则设计了6条长度20个核苷酸富含T碱基的DNA,利用 非修饰的纳米金建立了基于纳米金颜色变化的Hg¨检测方法,结果发现含有4个T—T碱基对的序列的 检测效果最好,检出限达到0.5txmol/L,线性范围0—10/xmol/L。Jiang等 则利用修饰纳米金的富含T 碱基的DNA序列,构建了基于纳米金色度变化的高选择性的Hgn检测方法,检出限0.000034 ng/mL,线 性范围0.00008~0.888 ng/mL。凌绍明等 制备了纳米金适体探针,将适体反应、纳米金聚集反应和金 纳米微粒的共振散射效应有机结合,发展了检测Pb 的核酸适体修饰纳米金共振散射光谱探针新技术, 检出限为0.03nmol/L。基于核酸适体的K 测定多借助凝血酶核酸适体来构建生物传感器,凝血酶适体 可以折叠形成G一四联体,G一四联体是一系列鸟嘌呤依靠氢键和离子之间的相互作用来稳定,因此核酸 适体折叠的程度与K 的浓度密切相关。Nagatoishi等 利用凝血酶的核酸适体根据荧光能量共振转移 的原理设计荧光核酸探针用于检测K ,在细胞外的检测范围达到2—10mmol/L,在细胞内的检测范围达 到100~200mmol几。Shi等 43_也利用凝血酶适体建立了基于分子信标检测K 的方法,检出限达到4× 10I4mol/L检测范围在6×10~~2×10I2mol/L。此外,科研工作者已经成功筛选了zn¨、Ni 的核酸 适体并初步用于检测体系¨ 4.3在生物毒素分析中的应用 。 目前,已经有几种生物毒素的核酸适体被成功筛选,并在食品安全检测中应用。唐吉军等 利用毛 细管电泳SELEX技术仅用4轮筛选从随机寡核苷酸文库中筛选获得特异识别蓖麻毒素靶分子的核酸适 体。Tang等 _ 筛选了相思豆毒素的DNA适体,并建立了化学发光分析方法检测相思豆毒素,检出限达到 1nmo//L,线性范围为l~400nmo//L。Cruz—Aguado和PennerL4 筛选获得了赭曲霉毒素A(OTA)的核酸 适体并初步应用于OTA的检测。Yang等 副根据酸适体在盐溶液中使非修饰的纳米金聚集变色的原理构 建了检i见4 OTA的色度生物传感器,检出限达到20nmol/L,线性范围20—625nmol/L。段诺等 根据适体 与目标物质结合后,荧光标记适体的互补DNA链解离导致荧光强度减小的原理。发展了一种新型OTA荧 光检测方法,检出限为1×10~g/L,线性范围2×10一~1.0×10~g/L,玉米粉样品中标准OTA回收率为 91.0%~100.6%。Barthelmebs等 建立了酶联免疫适体检测(ELAAs)方法对白酒中的OTA进行检 测,检出限达到5ng/mL。Bonel等 构建的电化学适体传感器对OTA的检出限0.07±0.01ng/mL,线性 范围0.78—8.47ng/mL。 4.4在食源性致病菌分析中的应用 自SELEX技术出现以来,已筛选出一些针对病毒、细菌等病原体活性蛋白的核酸适体。Lee等_5 利 42 安徽科技学院学报 用核酸适体与RT—PCR建立了检测大肠杆菌的方法,检测下限为10E.coli/mL。Ohk等 。 利用核酸适体 与抗体功能化的光导纤维生物传感器对人工污染的牛肉、鸡肉等食品中的李斯特菌进行了检测,检测下限 为103CFU/mL。随着SELEX技术的发展,核酸适体在病原微生物的快速检测方面会有更大的潜力和发 展前景。 4.5在工业染料分析中的应用 1990年SELEX技术提出时,Ellington and Szostak…就成功地筛选了有机染料的RNA适体。1998年, Wilson等 筛选了磺酰罗丹明B的核酸适体,利用DNA适体检测磺酰罗丹明B,检出限为190nmol/L。 2001年,Grate等 筛选出了与孔雀石绿结合的核酸适体。2010年,Sara等[5副将固相微萃取和核酸适体 技术结合,对鱼肉组织内的孑L雀石绿及其隐孑L雀石绿进行了半定量分析,结果表明RNA核酸适体可以用 来代替抗体应用于孔雀石绿的检测。2004年,Brochstedt等 5’ 研究了4,4 一亚甲基二苯胺的核酸适体检 测技术,检出限为0,15—15txmol/L。 4.6在转基因蛋白分析中的应用 随着核酸适体技术的发展,转基因蛋白的核酸适体已有报道。2010年,江树勋等 利用SELEX技 术,以转基因玉米EPSPS蛋白为靶分子进行了16轮筛选,获得与转基因玉米EPSPS蛋白特异性结合的适 体,结果表明茎环状和口袋状等结构可能是适体与转基因玉米EPSPS蛋白结合的结构基础。2011年,郎 春燕 对CP4一EPSPS转基因蛋白的DNA适体进行了筛选,并对其亲和性、特异性进行了系统研究。 5 结语 核酸适体作为新型的仿生分子识别元素,对其靶标分子具有严格的识别力和高度的结合力,同时核酸 适体具有分子小、易合成、易修饰、相对稳定等多方面优势,已经在疾病治疗、诊断和新药研发方面、分析检 测中得到了广泛的应用。随着核酸适体技术的发展,筛选针对食品危害因子的核酸适体并应用于其检测 体系中,将为食品安全检测提供新的思路和途径,其应用前景广阔,对保障食品安全具有十分重要的意义。 参考文献: [1]Ellington A D,Szsetak J W.In vitro selection ofRNA molecules that bind specficf ligands[J].Nature,1990,346(6287):818-822. 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