一、住房公积金是按照一定基数和一定比例缴纳的，在工资中扣除住房公积金和社保之后再计算个人所得税的。而公积金缴纳基数是按照员工上年度平均工资计算的。
1、依据《住房公积金管理条例》第十六条职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。
2、第十七条新参加工作的职工从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金，月缴存额为职工本人当月工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位新调入的职工从调入单位发放工资之日起缴存住房公积金，月缴存额为职工本人当月工资乘以职工住房公积金缴存比例。
3、第十职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%；有条件的城市，可以适当提高缴存比例。具体缴存比例由住房公积金管理委员会拟订，经本级审核后，报省、自治区、直辖市批准。
二、《个人所得税法》第四条下列各项个人所得，免纳个人所得税：
1、省级、部委和中国人民军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
2、国债和国家发行的金融债券利息；
3、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
4、福利费、抚恤金、救济金；
5、保险赔款；
6、军人的转业费、复员费；
7、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费；
8、依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事和其他人员的所得；
9、中国参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
10、经财政部门批准免税的所得。
法律依据：
《中华人职工民共和国社会保险法》
第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
