建设工程施工合同被依法确认无效，是否能主张违约金，在司法实践中的争议比较大。
一种意见认为，合同无效，违约金条款应属无效，一方主张违约金没有法律依据，也没有合同依据。
另一种意见认为，《司法解释》第2条规定，建设工程施工合同无效工程竣工验收合格的，仍可参照无效合同主张违约责任。
但在实践判例中，建设工程合同确认无效的，违约金条款不再适用，但可以按照《民法典》关于合同无效和解除后的处理原则行使损害赔偿请求权。
(一)建设工程勘察合同
建设工程勘察合同是承包方进行工程勘察，发包人支付价款的合同。
(二)建设工程设计合同
建设工程设计合同是承包方进行工程设计，委托方支付价款的合同。
(三)建设工程施工合同
建设工程施工合同是工程建设单位与施工单位，也就是发包方与承包方以完成商定的建设工程为目的，明确双方互相权利义务的协议。
一、工程挂靠协议被认定为无效，施工行为受保护吗
工程挂靠协议无效不可继续施工
现实生活中，很多时候挂靠人与被挂靠单位签订工程挂靠协议的目的，就是为了接建筑工程，所以通常情况下挂靠人就是建筑工程的承包人。
但建筑法规定，禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
也就是说，任何建筑工程挂靠协议都是违法无效。
因此，承包人通过工程挂靠的方式与发包人签订的建筑工程合同，也是无效，即承包人与发包人之间不再存在建筑工程施工合同关系，承包人擅自继续施工的行为，不应当再受到保护。
承包人的施工成果依法受到保护
根据《最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的规定，在建筑工程合同无效的情况下，可按照以下情况处理已完成工程的工程款项事宜。
1、已完成工程验收不合格的。
工程经验收不合格，建筑工程合同目的无法实现，发包人无义务再向承包人支付任何工程款，还可要回已支付工程款，且承包人(挂靠人)与被挂靠企业都要向业主方承担连带赔偿责任。
2、已完成工程最终验收合格的。
根据该解释规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。因此，即使因挂靠行为导致总承包施工合同无效，承包人依然可要求发包人按照合同约定支付工程款。
