这个不一定，因为还没做彻底的检查，也不知道情节严重程度。但稽查局是立案检查，不会马马虎虎的例行公事的。一般是专管员觉得你们公司有什么问题，税务、财务报表出现很明显的漏洞，才会上报，稽查局才来查账的。稽查局肯定比税务局查账要严格。会要求你提供公司的原始凭证、记账凭证、报表等资料。立案后的案件，不管从监督督查机制，还是从各环节的分工明确都要强过管理局的评估，所以，稽查局肯定会认真的检查。
查税的基本程序是：
一、选案：根据案源信息筛选，决定是否立案
二、立案
接下来，如果符合条件就要进行立案，立案之后就是检查程序，根据检查结果制作《税务稽查报告》。实施检查之日起60日内完成，确需延长检查时间的，应当经稽查局批准。
最后就是审理程序，检查完毕，检查部门应当将《税务稽查报告》、《税务稽查工作底稿》及相关证据材料，在5个工作日内移交审理部门审理，并办理交接手续。
审理部门接到检查部门移交的《税务稽查报告》及有关资料后，应当在15日内提出审理意见，但下列时间不计算在内：
（一）检查人员补充调查的时间；
（二）向上级机关请示或者向相关部门征询问题的时间。
案情复杂确需延长审理时限的，经稽查局的批准，可以适当延长。
【法律依据】：《税务稽查工作规程》第二十五条规定
调取账簿、记账凭证、报表和其他有关资料时，应当向被查对象出具《调取账簿资料通知书》，并填写《调取账簿资料清单》交其核对后签章确认。
调取纳税人、扣缴义务人以前会计年度的账簿、记账凭证、报表和其他有关资料的，应当经所属税务局批准，并在3个月内完整退还；调取纳税人、扣缴义务人当年的账簿、记账凭证、报表和其他有关资料的，应当经所属设区的市、自治州以上税务局批准，并在30日内退还。
