1039违章不会扣分但是会被处以二十元以上二百元以下罚款。1039违章是指违反规章停放、临时停车且驾驶人不在现场或驾驶人虽在现场拒绝立即驶离,妨碍其它车辆、行人通行的。
法律依据：
《中华人民共和国道路交通安全法》第九十三条
对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规章的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。机动车驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者机关交通管理部门指定的地点停放。机关交通管理部门拖车不得向当事人收取费用，并应当及时告知当事人停放地点。因采取不正确的方法拖车造成机动车损坏的，应当依法承担补偿责任。
