账目不清不会立案的。
账目不清是多种原因造成的，如果会计人员业务能力差，或者单位管理问题不构成犯罪，不能立案；如果属于贪污案件、挪用案件，属于立案。只有是职务侵占罪、挪用资金罪机关立案侦查。
合伙账目不清起诉流程如下：
1、原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
2、有明确的被告；
3、有具体的诉讼请求和事实、理由；
4、属于人民受理民事诉讼的范围和受诉人民管辖；
5、当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本；
6、当事人向提交书证，应填写一式两份证据清单，详细列明提交证据的名称、页数。证据经承办人核对后，由承办人在证据清单上签字盖章，一份交当事人，一份备案；
6、在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续，对不符合立案条件的，依法裁定不予受理；
7、收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用。
【法律依据】：
《中华人民共和国公司法》第二十条
公司股东应当遵守法律、行规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。
公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。
公司股东滥用公司法人地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
