法律分析：如果您怀疑公司在犯罪调查的过程中存在不当行为，您可以向相关部门投诉。根据《刑事诉讼法》，犯罪调查应当遵循法律程序，并保证被调查人的合法权益。如果调查中存在不当行为，被调查人可以向监督部门申诉，并要求监督部门进行调查核实。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第十三条：“犯罪调查应当遵循法律程序，保证被调查人的合法权益。”
2.《中华人民共和国监察法》第二十一条：“监察机关接到监察举报后，应当及时组织调查核实，并根据调查核实结果作出处理决定。”
3.《中华人民共和国》第41条：“中华人民共和国公民有依法参加国家管理和社会管理、经济建设和文化事业的权利，并在法律规定的范围内依法享有民主权利和自由权利。”
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