员工恶意毁坏公司资料毁是破坏生产经营的行为，应当根据公司遭受的实际损失进行赔偿。如果造成较重大损失或者其他严重后果，可以按破坏生产经营罪追究刑事责任。
【法律依据】
《民法典》（2021年1月1日生效）第一千一百八十二条
侵害他人人身权益造成财产损失的，按照被侵权人因此受到的损失或者侵权人因此获得的利益赔偿；被侵权人因此受到的损失以及侵权人因此获得的利益难以确定，被侵权人和侵权人就赔偿数额协商不一致，向人民提起诉讼的，由人民根据实际情况确定赔偿数额。
《刑法》第二百七十六条
由于泄愤报复或者其他个人目的，毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
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